Về Phật học, dù sinh ra trong bối cảnh đất nước gặp nhiều khó khăn, các trường Phật học bị đóng cửa, Sư may mắn cầu học với các vị cao tăng Phật giáo lỗi lạc trong thế kỷ 20 bao gồm Đại lão HT. Thích Minh Châu, HT. Thích Thiện Siêu, HT. Thích Huệ Hưng, HT. Thích Huệ Đăng, HT. Thích Từ Thông, HT. Thích Trí Quảng, HT. Thích Minh Cảnh, HT. Thích Nguyên Ngôn, HT. Thích Thiện Nhơn, HT. Thích Thiện Tâm, HT. Thích Thiện Trí, HT. Thích Giác Toàn và thiền sư Duy Lực v.v.... Nhờ đó, từ lúc còn làm Sa-di, Sư đã lão thông Kinh, Luật, Luận của Phật giáo Nguyên Thủy và Đại thừa.

Sư tốt nghiệp đại cương cử nhân Anh văn (Đại học Sư phạm Thành phố Hồ Chí Minh, 1994. Cao học triết học (Đại học Delhi, 1997) và Tiến sĩ triết học (Đại học Allahabad, 2001).[2]. Từ năm 2006, Sư là Trưởng Khoa Triết học Phật giáo, Học viện Phật giáo Việt Nam tại TP. HCM.[3] Phó viện trưởng, Học viện Phật giáo Việt Nam tại TP. HCM]].[4] Thành viên Ban biên tập Đại Tạng kinh Việt Nam, Giám đốc hội Đạo Phật Ngày Nay).[5], [6], [7].

Thượng tọa Thích Nhật Từ đã từng giảng dạy hoằng pháp học và triết học và Phật học tại Học viện Phật giáo Việt Nam tại Thành phố Hồ Chí Minh, lớp Cao cấp giảng sư, các trường Phật học tại Thành phố Hồ Chí Minh, Bà Rịa Vũng Tàu, Cần Thơ. Sư giảng trên 2700 VCD pháp thoại tại chùa Giác Ngộ, chùa Hoằng Pháp, chùa Xá Lợi, chùa Ấn Quang, chùa Phổ Quang, chùa Đức Quang, chùa Giác Nguyên, các chùa trong nước và nước ngoài. Sư tổ chức nhiều triển lãm nghệ thuật Phật giáo và các chương trình văn nghệ Phật giáo tại một số chùa và HTV trong vòng ba năm qua.

Sư đã giảng dạy các lớp cao đẳng Phật học tại Thành phố Hồ Chí Minh, Bà Rịa- Vũng Tàu, Cần Thơ, lớp Cao cấp Giảng sư và Học viện Phật giáo Việt Nam tại Thành phố Hồ Chí Minh. Sư là tu sĩ Phật giáo Việt Nam được mời thuyết giảng nhiều nhất trong nước cũng như tại Úc và Hoa Kỳ.

Sư đã tham dự và thuyết trình các hội thảo trong nước và nước ngoài như: Phật giáo và du lịch tâm linh (New Delhi), Hội thảo tăng đoàn Phật giáo quốc tế Phật Quang Sơn (Cao Hùng), Hội nghị thượng đỉnh Phật giáo lần thứ IV (Bangkok), Hội thảo giáo dục Phật giáo tại Pháp Cổ Sơn (Đài Bắc), Diễn đàn Phật giáo thế giới lần thứ I (Hàng Châu), Hội thảo của Hội Liên hữu Phật tử thế giới lần 23 (Cao Hùng), Hội thảo Phật giáo thế giới lần thứ nhất (Kandy), Hội thảo PG quốc tế về Phật giáo trong thời đại mới (Thành phố Hồ Chí Minh), Hội thảo Phật giáo nhập thế (Thành phố Hồ Chí Minh), Hội thảo quốc tế về Châu Á đa dân tộc và đa ngôn ngữ (TP.HCM), Hội thảo Phật giáo thế giới tại trường Mahachulalongkorn năm 2006 và 2007.[8] và nhiều hội thảo khác trong nước và nước ngoài.

Tiến sĩ danh dự - Honorary doctorate

Vào ngày 30-10-2010, trường đại học Mahamakut (Mahamakut Buddhist University), Thái Lan đã trao tặng bằng Tiến sĩ danh dự (Doctorate Honoris Causa) về Tôn giáo học Religious Studies) cho Sư Thích Nhật Từ, nhằm ghi nhận đóng góp to lớn của ông cho giáo dục Phật giáo và lãnh đạo cộng đồng Phật giáo thế giới.[9]. Được biết, cho đến thời điểm hiện nay, Sư Thích Nhật Từ là người trẻ nhất được trao tiến sĩ danh dự trong cộng đồng Phật giáo Việt Nam.Ngày 15 tháng 05 năm 2016, Thích Nhật Từ được trưởng lão Hòa thượng Maharajamangalacharya, Phó Tăng vương Phật giáo Thái Lan, trao bằng tiến sĩ danh dự của trường Đại học Mahachulalongkorn (MCU),[2][3][4] Thái Lan.

Ngày 19 tháng 06 năm 2016, tại Học viện Hành chính quốc gia thành phố Hồ Chí Minh, trường đại học Apollos đã trao tặng ông bằng tiến sĩ danh dự của trường.[5][6]